Este colegio, al igual que ocurre en otros construidos en los últimos años, cuenta con un sistema de calefacción que funciona por calderas y requiere combustible para su mantenimiento. Los padres llegaron a amenazar con la posibilidad de suspender las clases si no se atendía su reivindicación.
Del mismo modo, el Ayuntamiento está trabajando conjuntamente con la Junta de Andalucía para tratar de solventar el problema generado por las deficiencias que presenta la instalación eléctrica del CEIP San Juan de Dios.
Endesa ya ha advertido de la posibilidad de interrumpir el suministro eléctrico al no cumplir la instalación con los requisitos técnicos que exige la legislación en vigor. El Gobierno local advierte en cualquier caso de que la competencia en la materia corresponde a la Consejería de Educación de la Junta.